הזיהוי של נוירופפטיד Y (NPY) מסתמך בעיקר על שיטות אימונולוגיות, כולל אנזים-מבחן אימונוסורבנט מקושר (ELISA) לניתוח כמותי ואימונוהיסטוכימיה (IHC) ללוקליזציה של רקמות.
ELISA היא שיטה נפוצה לקביעה כמותית של רמות NPY בדגימות ביולוגיות כגון נסיוב אנושי, פלזמה, הומוגנאטים של רקמות, ליזטים של תאים וסופרנטנטים של תרבית תאים. הוא משתמש בדרך כלל בעקרון עיכוב תחרותי: נוגדנים חד שבטיים של NPY מצופים על גבי צלחת מיקרו, ומוסיפים גם אנטיגן המסומן ביוטין- וגם הדגימה המכילה את אנטיגן המטרה. אנטיגן המטרה מתחרה עם האנטיגן המסומן על הקישור לנוגדנים. לאחר שלב כביסה, מתווספים HRP- אבידין והמצע TMB לפיתוח צבע; עוצמת הצבע עומדת ביחס הפוך לריכוז NPY בדגימה. שיטה זו מציעה רגישות וסגוליות גבוהות, עם טווח זיהוי טיפוסי של 24.69 pg/mL עד 2000 pg/mL וגבול זיהוי תחתון מתחת ל-9.59 pg/mL.
IHC משמש כדי למקם את הביטוי וההפצה של NPY בתוך קטעי רקמה. על ידי שימוש בנוגדנים ספציפיים כדי להיקשר ל-NPY ברקמה ושימוש בתגובה כרומוגנית להדמיה, שיטה זו מאפשרת ניתוח איכותי או חצי{1}}כמותי של ביטוי NPY על פני רקמות שונות.